Вообще за оформление Лицензии ФСТЭК взимается госпошлина — 7 500 рублей. Но если вы доверите оформление такой лицензии специальным компаниям, которые оказывают помощь в получении разрешительных документов, то стоимость будет зависеть от интеллектуальных и временных затрат специалистов этой компании. Я лично вам советую обратиться в компанию IFCG. С ними можете быть уверены что получите зарегистрированную без лишних проблем и отказов лицензию. Я сам к ним неоднократно обращался. Тут подробнее можете почитать: стоимость лицензии ФСТЭК.